衛生科業務分為：衛生醫療、衛生保健、衛生行政

衛生科掌理事項如下︰一、衛生計畫及設施之指導。二、傳染病預防及護理之訓練。三、受刑人身心健康檢查及特別檢查。四、受刑人之心理衡鑑、心理治療、諮商及疾病醫療。五、病舍之管理。六、環境衛生清潔檢查及指導。七、藥品調劑、儲備及醫療器械之管理。八、藥物濫用之防治。九、受刑人戒護住院、保外醫治、死亡之陳報及通知。十、其他有關身心及衛生保健事項。

衛生醫療：102年1月1日起收容人納入全民健康保險醫療服務，由衛生福利部台東醫院（內科、精神科、中醫科）、安康診所醫師（家醫科）及綠島衛生所牙醫師定期蒞監看診，受刑人如有臨時急診或重大疾病，由戒護科戒護外醫至綠島衛生所診治；若仍無法給予適當的醫療處置時，轉診至台東地區醫院做進一步治療。

對於收容人有慢性疾病包括高血壓、糖尿病、心臟病…等疾病，及罹患精神疾病，均造冊列管，並責成各場舍主管隨時注意其身心狀況，如每日量測血壓並注意服藥後情形，若有變化等異常狀況，安排醫師診治。

衛生保健：疾病預防、衛教宣導、自殺防治、傳染病防治及宣導、環境衛生消毒及查核、CPR急救訓練、配合衛生所疾病預防篩檢與預防接種業務。

針對出、入監收容人均實施健康檢查，除一般健康檢查外，並包含每年全監性病及愛滋病抽血檢查、肺結核X光篩檢、於每月不定期進行尿液抽驗，並對收容人居住環境定期漂白水、紫外線殺菌燈及寢具日曬消毒，以維護收容人身體健康。

邀請衛生單位之專業人士蒞監辦理衛生教育、自殺防治及疾病預防之宣導，並向衛生局索取疾病防治手冊、海報、 DVD 等配合宣導。衛生科亦不定期至各場舍宣導衛生教育。

衛生行政：辦理與醫療有關的行政事務，如戒護住院、保外醫治辦理與死亡陳報通知、醫療費用催繳、報廢藥品回收與銷毀及愛滋病精神病結核病出監轉銜通報。