衛生科業務分為：衛生醫療、衛生保健、衛生行政

衛生科掌理事項如下︰一、衛生計畫及設施之指導。二、傳染病預防及護理之訓練。三、受刑人身心健康檢查及特別檢查。四、病舍之管理。五、受刑人疾病醫治之聯繫安排。六、環境衛生清潔檢查及指導。七、醫院寄送藥品整理及醫療器械之管理。八、受刑人戒護住院、保外醫治、死亡之陳報及通知。九、其他有關生理、心理、衛生、保健事項。

疾病醫療：本監由衛生福利部台東醫院（內科、精神科）、台東基督教醫院(中醫科）、安康診所醫師（家醫科）及綠島衛生所(牙科)等院所醫療團隊醫師定期蒞監看診。受刑人如有臨時急症，則戒護外醫至綠島衛生所診治；若仍無法給予適當的醫療處置，必要時則轉診台東市大型綜合醫院做進一步檢查診療。

收容人有慢性疾病包括高血壓、糖尿病、高血脂、癲癇、心臟病、精神病等造冊列管，並責成各場舍主管觀察注意身心變化狀況，並促其定期看監內門診與藥物控制。場舍另備有血壓計、血氧機，衛生科有血糖機可供量測追蹤指數變化。身心障礙、衰老、精神病或其他特殊疾病收容人出監前通知親友與縣市相關單位，做好聯繫轉銜與轉介安置。

衛生保健：疾病預防、衛教宣導、自殺防治、傳染病防治及宣導、環境衛生消毒及查核、CPR急救訓練。另現配合國家政策，由綠島衛生所入監協助進行新冠肺炎疫苗接種，目前本監收容人第3劑疫苗注射率100%，第4劑疫苗注射率85%；職員第3劑注射率98.8%，第4劑注射率72.5%。

針對出、入監收容人均實施健康檢查，除一般健康檢查外，並包含每年全監性病及愛滋病抽血檢查、肺結核X光篩檢、於每月不定期進行尿液抽驗，並對收容人居住環境定期漂白水、紫外線殺菌燈及寢具日曬消毒，以維護收容人身體健康。

邀請綠島衛生所醫護人員蒞監辦理衛生教育，進行自主健康管理及各項慢性疾病預防之宣導，並索取疾病防治手冊、衛教海報、 DVD 等配合宣導。衛生科則另至各場舍進行藥物自主管理、新冠肺炎防疫與疫苗接種、壓力調適與心理健康、皮膚病防治等主題衛教宣導。

衛生行政：辦理與醫療有關的行政事務，如戒護住院、保外醫治辦理與死亡陳報通知、醫療費用催繳、報廢藥品回收與銷毀及愛滋病精神病結核病出監轉銜通報。